DESAIN DAN OPTIMASI PRIMER DALAM IDENTIFIKASI HYPERVARIABLE SEGMENT I D-LOOP DNA MITOKONDRIA (MTDNA) PADA SAMPEL BUCCAL SWAB MANUSIA (HOMO SAPIENS)

MONAYANTI SIMANJUNTAK (2025) DESAIN DAN OPTIMASI PRIMER DALAM IDENTIFIKASI HYPERVARIABLE SEGMENT I D-LOOP DNA MITOKONDRIA (MTDNA) PADA SAMPEL BUCCAL SWAB MANUSIA (HOMO SAPIENS). Final Year Projects (S1) thesis, Universitas Kristen Duta Wacana.

	Text (Skripsi Biologi) 31210397_Bab1_Bab5_daftarpustaka.pdf Download (3MB)
	Text (Skripsi Biologi) 31210397_Bab2 -sd- Bab4_Lampiran.pdf Restricted to Registered users only until 2 August 2027. Download (5MB) | Request a copy

Abstract

Analisis DNA dalam proses identifikasi individu membutuhkan konsentrasi DNA yang cukup tinggi, tetapi seringkali sampel yang ditemukan sudah mengalami degradasi pada bagian DNA inti. Beberapa metode lain diketahui dapat digunakan untuk proses identifikasi individu, salah satunya dengan memanfaatkan DNA mitokondria (mtDNA). DNA mitokondria (mtDNA) adalah suatu bagian dari sel yang dapat digunakan dalam proses identifikasi karena diturunkan secara maternal dan memiliki rekombinasi yang lebih rendah jika dibandingkan dengan DNA inti. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui spesifisitas dan efektifitas primer yang didesain dalam identifikasi hypervariable segment (HVS I) pada sampel buccal swab manusia. Penelitian ini mengujikan kandidat primer terhadap sampel buccal swab manusia yang diekstraksi dengan menggunakan PrepFilerTM Forensic DNA Extraction Kit. Pembuatan primer yang menarget daerah hypervariable segment I dilakukan dengan menggunakan beberapa situs NCBI, Primer3Plus dan dianalisis pada NetPrimer Biosoft. Kandidat primer yang mentarget hypervariable segment I (HVS I) disintesis di Genewiz (China) dan dilakukan optimasi menggunakan PCR gradient dengan sampel buccal swab. Tahap lanjutan dari proses identifikasi individu dilakukan dengan Sanger sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dua pasangan primer yang telah didesain mampu mengamplifikasi wilayah hypervariable segment I (HVS I) DNA mitokondria dengan panjang basa 340bp dan 401bp dengan suhu optimal annealing di 56.5 ℃. Hasil analisis sekuensing dengan pasangan primer HVS I A dan HVS I B menunjukkan bahwa variasi nukleotida dari sampel terdapat sebanyak 8 – 13 variasi. Variasi nukleotida secara umum disebabkan oleh mutasi subsittusi transisi, transversi, dan delesi dengan ditemukan tiga situs variasi nukleotida yang sama pada setiap primer uji. Dari hasil analisis sekuensing sampel Z, diketahui bahwa sampel termasuk kedalam haplogroup F1a dan F1a2 yang sebagian besar dimiliki oleh populasi Asia Tenggara. Penelitian ini dapat digunakan untuk pengungkapan kasus forensik yang barang buktinya berupa sampel yang sudah lama atau mengalami degradasi.

Actions (login required)

View Item